Hekk kif ġie fi tmiem tiegħu l-assedju tas-sajf ta’ l-1565, il-gran mastru Jean de Valette, flimkien mal-Kunsill ta’ l-Ordni ta’ San Ġwann, ħasbu biex jagħtu bidu għal ħolma tagħhom, dik li jibnu belt imdawwra bis-swar fuq l-ilsien art magħruf bhala l-Għolja Xiberras. Inġib lejn Malta il-perit Taljan, Francesco Laparelli, u dan mill-ewwel beda il-ħidma tiegħu biex joffri disinji għal bini ta’ belt ġdida. Wara diversi laqgħat, fl-ahhar kien ġie deċiż il-bini tal-belt, u kemm kellha tkun kbira. L-ewwel ġebla tpoġġiet fit-28 ta’ Marzu ta’ l-1566, fost ċelebrazzjonijiet kbar. Il-qtugħ tal-ġebel, u l-bini tas-swar ma qata’ xejn, u f’ħames snin is-swar li jdawwru il-belt Valletta ġew mitmuma.
Jgħin lill-perit Laparelli, kien hemm il-perit Malti, Ġlormu Cassar. Huwa maħsub li dan il-perit kien diġà beda jahdem mal-kavallieri, u jissemma ukoll waqt it-taqbid ta’ l-assedju l-kbir. Jidher li kien ġie magħżul biex jgħin lill-Laparelli, u fil-fatt hekk kif il-perit Taljan telaq minn Malta, kienet ir-responsabiltà ta’ Ġlormu Cassar li jara lis-swar jinbnew kif kienu maħsuba minn Laparelli, u jkompli jgħin fil-bini tal-kumplament tal-belt il-ġdida.
Minħabba li issa kien baqa’ Malta Cassar, il-kavallieri ħasbu biex jagħtuh ir-responsabiltà li jkun hu li jiddisinja l-aktar bini importanti tal-Kavallieri. Għalhekk hażżeż il-pjanti tal-bereġ tal-kavallieri, tal-knejjes iż-żgħar ta’ l-istess Lingwi, il-palazz tal-gran mastru, kif ukoll l-isptar ta’ l-Ordni. Iżda forsi l-akbar bini li huwa kellu jieħu ħsieb kienet il-knisja konventwali ta’ San Ġwann il-Battista.
Din il-knisja ġiet imħallsa mill-Gran Mastru Jean L’Evesque de La Cassière. Kienet drawwa li hekk kif wieħed jintgħażel biex ikun Gran Mastru, jingħata rigal xieraq lill-istess Ordni ta’ San Ġwann. Uħud mir-rigali kienu forma ta’ flus, inkella abiti biex jintużaw fil-knisja. Dan il-gran mastru ħaseb biex jagħti il-flus għal bini ta’ l-akbar knisja tal-Kavallieri f’Malta. Il-gran mastru ħaseb ukoll biex jibgħat lill Ġlormu Cassar barra minn Malta, halli dan ta’ l-ahhar ikun jista’ jara b’għajnejh il-bini modern u jkun jista’ jinfluenza ruħu, u jitgħallem minn dak li kien qed jara fl-Italja. L-knisja ta’ San Ġwann kellha tkun waħda mill-aktar binjiet li huwa kien iddiżinja.
Jekk wieħed jagħti ħarsa lejn il-faċċata malajr jidher kemm dan Ġlormu Cassar kien ġie influwenzat minn dak li kien ra fl-Italja. Għal-ewwel darba f’Malta il-faċċata ta’ knisja kellha żewġ kampnari. Is-soltu kien ikun hemm kampnar wieħed biss. Barra minn hekk il-kampnari kellhom ukoll dekorazzjoni partikulari, fejn il-parti ta’ fuq nett kellha bħal torrijiet żgħar, iżda magħmula mill-injam. Din kellha tkun l-akbar binja li kien involut fiha Ġlormu Cassar. Maż-żmien il-knisja kompliet tkun imsebbħa minn ġewwa, iżda dan kellu jsehh madwar mitt sena wara.
Il-knisja għandha numru ta’ kappelli fil-ġnub, u dawn ġew mogħtija lid-diversi Lingwi ta’ l-istess Ordni ta’ San Ġwann. Il-ħsieb kien li kulħadd kien jagħti kas tat-tiżjin u t-tisbieħ tal-kappella tiegħu. Taht l-artal maġġur hemm ukoll il-kripta tal-Gran Mastri, fejn fil-verità jinsab midfun il-gran mastru benefattur ta’ din i-knisja, Jean L’Evesque de La Cassière.